Ban đầu, mọi người đều vui mừng về chiến thắng của Mộ Dung Thịnh, tin tưởng rằng ông là một người có tài cai trị. Tuy nhiên, triều đại của Mộ Dung Thịnh lại là một triều đại khắc nghiệt, ông đã sát hại gia tộc của Lan Hãn và còn tính đến việc giết chết Lan vương phi. Người mẹ họ Dinh của ông đã phản đối do người con dâu này đã bảo vệ cho cả Mộ Dung Thịnh và bản thân bà và vương phi vì vậy đã được tha thứ, song đã không bao giờ được trở thành hoàng hậu (Mộ Dung Thịnh cũng không lập bất kỳ người vợ nào làm Hoàng hậu). Vào mùa đông năm 398, ông chính thức xưng đế, và phong chính thất của cha là Đoàn Hoàng hậu làm thái hậu, và phong cho mẹ mình làm Hiến Trang Hoàng hậu (獻莊皇后).

Thời kỳ Mộ Dung Thịnh trị vì đã cho thấy sự mạnh mẽ của ông, ông xa lánh và đối xử khắc nghiệt với các triều thần và người dân của mình. Kết quả là nhiều triều thần đã bị xử tử do họ có âm mưu hoặc bị nghi ngờ có âm mưu phản nghịch, bao gồm:

• Mùa thu 398: tướng Mã Lặc (馬勒) và các anh em họ của Mộ Dung Thịnh là Mộ Dung Sùng (慕容崇) và Mộ Dung Trừng (慕容澄), hai người là con trai của Mộ Dung Long
• Mùa đông 398: tướng Mộ Dung Hào (慕容豪) và các triều thần Trương Thông (張通) và Trương Thuận (張順)
• Mùa xuân 399: các triều thần Lưu Trung (留忠), Lưu Chí (留志), Đoàn Thành (段成), và Mộ Dung Căn (慕容根)
• Mùa xuân 399: các tướng Trương Chân (張真) và Hòa Hàn (和翰)
• Mùa thu 399: tướng Lý Lãng (李朗)
• Mùa đông 399: tướng Vệ Song (衛雙)

Tuy nhiên, Mộ Dung Thịnh cũng được các sử gia ca ngợi vì đã để tâm đến các trường hợp tội phạm thông thường, và ông đã có thể lập nên một hệ thống mà trong đó đích thân ông sẽ nghe về kháng cáo hình sự và có thể phân biệt được sự thật mà không cần phải dùng đến biện pháp tra tấn. Trong vài năm sau đó, Hậu Yên tiến hành nhiều trận chiến với Bắc Ngụy song không có bên nào có được ưu thế.

Khoảng tết năm 400, Mộ Dung Thịnh lập con trai là Mộ Dung Định (慕容定) làm Liêu Tây công. Ngay sau đó, Đoàn Thái hậu qua đời, và ông đã đưa mẹ mình lên làm thái hậu, cùng lúc đó, ông lập Mộ Dung Định làm thái tử. Ông ngay sau đó cũng chấm dứt việc sử dụng tước hiệu hoàng đế để tỏ lòng khiêm nhường, thay vào đó ông gọi mình là "Thứ Dân Thiên vương."

Vào mùa thu năm 401, các tướng Mộ Dung Quốc (慕容國), Tần Dư (秦輿), và Đoàn Tán (段讚) đã bí mật âm mưu tiến hành chính biến, song tin tức đã bị lọt ra và hơn 500 người đã bị xử tử. Năm ngày sau đó, tướng Đoàn Ki (段璣) cùng với con trai của Tần Dư là Tần Hưng (秦興) và con của Đoàn Tán là Đoàn Thái (段泰) đã tiến đánh hoàng cung. Mộ Dung Thịnh đã đích thân dẫn cận binh hoàng cung giao chiến với quân nổi loạn và có được thành công bước đầu. Tuy nhiên, một lính nổi loạn đã xuất hiện từ nơi trú ẩn trong cung và đâm chết Mộ Dung Thịnh. Sau khi Mộ Dung Thịnh qua đời, Đinh Thái hậu do có một mối quan hệ với Mộ Dung Hi nên đã bỏ qua Thái tử mà đưa Mộ Dung Hi lên ngôi kế vị.